Transakcja łańcuchowa ma miejsce, gdy w transakcji międzynarodowej uczestniczy co najmniej trzech kontrahentów, a towar jest przedmiotem tylko jednej wysyłki – od pierwszego do ostatniego podmiotu. Transakcje łańcuchowe są trudne do oceny w kontekście zdefiniowania tzw. transakcji ruchomej, do której stosowana jest preferencyjna stawka 0%, oraz zdefiniowania kraju opodatkowania lokalną stawką dla tzw. transakcji nieruchomej/nieruchomych. Problemów może przysporzyć również określenie podmiotu będącego organizatorem transportu – nie musi być to kontrahent wykonujący czynności związane z zaaranżowaniem transportu, a zmieniać mogą to przykładowo zastosowane do transakcji warunki Incoterms. Kolejną kwestią komplikującą proces mogą być zasadniczo różne zasady oceny transakcji ruchomych i nieruchomych w przypadku łańcuchów dostaw w ramach krajów UE oraz w ramach transakcji poza UE.

W związku z ilością aspektów faktycznie wpływających na opodatkowanie transakcji łańcuchowych, warto je planować poprzez opracowanie ich konsekwencji przed wystąpieniem pierwszej/takiej transakcji. Warto też dokonać przeglądu warunków dla transakcji łańcuchowych, w których się już uczestniczy, aby upewnić się o braku istotnych ryzyk, którymi mogłyby być przykładowo brak rejestracji dla celów VAT i rozliczania VAT w innym kraju niż kraj obecnej rejestracji, wystawianie lub otrzymywanie faktur z lokalną (polską lub dotyczącą innego kraju) stawką VAT pomimo braku przesłanek do opodatkowania tego etapu łańcucha lokalną stawką VAT w Polsce (lub innego kraju) – co może wpływać m.in. na brak prawa do odliczania VAT z tych faktur.